先天性疾病保險公司不理賠。先天性疾病在重疾險的免責范圍內。先天性疾病一般來說是指出生以后就有某種缺陷，醫(yī)療險對于先天性疾病是免責的，即不一定會賠償。因此選擇重疾險與醫(yī)療險,需要按照要求做好健康告知以及配合體檢。

醫(yī)療保險一般指基本醫(yī)療保險，是為了補償勞動者因疾病風險造成的經(jīng)濟損失而建立的一項社會保險制度。通過用人單位與個人繳費，建立醫(yī)療保險基金，參保人員患病就診發(fā)生醫(yī)療費用后，由醫(yī)療保險機構對其給予一定的經(jīng)濟補償。基本醫(yī)療保險制度的建立和實施集聚了單位和社會成員的經(jīng)濟力量，再加上政府的資助，可以使患病的社會成員從社會獲得必要的物資幫助，減輕醫(yī)療費用負擔，防止患病的社會成員“因病致貧”。
醫(yī)療保險，傳統(tǒng)意義上就是指由特定的組織或機構經(jīng)辦，通過帶強制執(zhí)行的政策法規(guī)或自愿締結的契約，在一定區(qū)域的一定參保人群中籌集醫(yī)療保險基金。