合同生效時間對退保證金是有影響的。

如果合同還未生效的話，那么合同對雙方當事人均不具有約束力雙方當事人還不需要對沖合同中的有關約定，由此在合同簽訂過程中繳納的保證金訂金等均可以退還的，也不存在賠償損失或者承擔違約金等責任。如我國法律規(guī)定當事人交付保證金押金或定金等，但沒有約定定金性質的，當事人主張定金權利的，人民法院不予支持。

如果是商業(yè)合同的保證金，按合同法規(guī)定，在簽署商業(yè)合同中，如合同條款中的約定中有提到合同保證金的事宜，此時合同中的合同保證金就屬于一種約定，是受法律保護的，在履行合同時需按雙方有效合同的約定處理。

如果是勞動合同中的合同保證金，用人單位與勞動者訂立勞動合同時，不得以任何形式向勞動者收取定金，保證金物或抵押金物。對違反以上規(guī)定的，由勞動行政部門責令用人單位立即退還給勞動者本人。

如果是租賃合同保證金，房屋出租時，出租人可以與承租人約定收取房屋租賃合同保證金，房屋出租時，出租人可以與承租人約定收取房屋租賃保證金。一般來說是在雙方都基本履行完畢合同內容后退還的。當然，如果有約定具體的退還情況和退還時間的話，那么就按約定的為準。